Door het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog werd er in 1939 geen Hauptzuchtschau meer gehouden en de bijzondere omstandigheden hadden ook tot gevolg dat de gerichte fokkerij van Duitse Herdershonden op een laag pitje kwam te staan. Veel bazen en ook honden moesten daadwerkelijk dienst doen in het Duitse leger. Een zeer groot aantal honden heeft de oorlog niet overleefd en ook het aantal gefokte Duitse Herders daalde aanmerkelijk. Als gevolg van de oorlogstoestand werd er eveneens in 1940 geen Hauptzuchtschau gehouden. In 1941 en 1942 weer wel en het zou dan tot na de oorlog duren alvorens er in 1946 weer een Hauptzuchtschau zou worden georganiseerd.
Ondanks de moeilijkheden met voeding en reizen steeg de populariteit na de Tweede Wereldoorlog en was er een forse toename van het aantal gefokte Duitse Herders. In 1945 werden er slechts 3000 Duitse Herdershonden in de stamboeken van de S.V. geregistreerd. Daarna steeg het aantal snel en had men in 1948 zo'n 40.000 inschrijvingen. Zoals onvermijdelijk na zes jaar oorlog begonnen de mensen hun oude genoegens van vroeger weer terug te vinden, waarbij het fokken van honden gedijde, althans wat het aantal betreft. Zoals viel te verwachten werden er in deze periode weinig honden geëxporteerd, omdat Duitsland druk bezig was zijn eigen rasbestand weer op orde te brengen. In de jaren direct na de Tweede Wereldoorlog bleek er veel werk verzet te moeten worden om de S.V. organisatorisch weer goed van de grond te krijgen en om het ras weer in zijn oude glorie te doen herrijzen.
Als belangrijkste vererver uit die naoorlogse periode moet zeker de hond worden genoemd die in 1946 op de derde plaats in de VA-groep (VA-3) eindigde, namelijk Lex preussenblut. Hij werd de vader van het beroemde 'R'-nest vom Osnabrücker Land en hij was daarnaast de vader van meer honden die in de VA-groep werden gekozen dan enige andere hond van zijn tijd. Uiteraard had ook Lex zijn fouten, maar over het geheel genomen was hij een waardevolle vaderhond die meer en waarschijnlijk ook nog beter gebruikt had kunnen worden als Lex niet in 1949, nog maar net vijf jaar oud, vergiftigd was.
De belangrijkste invloed van Lex Preussenblut zou komen door het 'R'-nest vom Osnabrücker Land, dat hij kreeg met Maja vom Osnabrücker Land, een teef die in 1947 tot VA-1 werd gekozen. Deze Maja heeft onder haar nakomelingen vijftien honden gebracht met de kwalificatie Uitmuntend. In het beroemde 'R'-nest zaten de VA-honden Reina en Rolf, maar het waren met name Rolf en Rosel die de invloed van het nest verspreidden. Op de Hauptzuchtschau van 1950 kwam Rolf voor de eerste maal in de VA-klasse, waar hij VA-4 werd. In datzelfde jaar werden overigens nestgenoot Reina en hun moeder Maja voor de tweede keer in die geselecteerde groep van VA-honden gekozen.
De grote overwinnaar van de Hauptzuchtschau 1951 was de vier jaar oude Rolf vom Osnabrücker Land. Hij werd in zijn beste vorm voorgebracht en tijdens de beoordeling van het gangwerk, die behoorlijk veel tijd in beslag nam, liet hij zien een goed uithoudingsvermogen te bezitten. Rolf was dan ook een dekreu van grote kwaliteit, die toen al meerdere uitmuntende en zeer goede nakomelingen had gebracht.
Maar niet alleen Rolf was een hond van uitstekende hoedanigheden en met een grote verervingskracht; eigenlijk heeft het grootste deel van het beroemde 'R'-nest een grote bijdrage aan het ras geleverd. Reina en Racker gingen al vrij spoedig verloren voor de Europese fokkerij. Reina door verkoop en haar veelbelovende broer werd na enkele dekkingen getroffen door een ongeluk en aan de verdere fokkerij onttrokken. Rolf werd een belangrijke spil in de fokkerij en Rosel kreeg grote betekenis als moederhond en als voorouder waarop erg veel werd ingeteeld.
Er bestond een zeer grote belangstelling voor dit nest en vele later bekende honden kwamen er uit voort. Zo was de bekende Hein vom Richterbach een zoon van Rosel. Hein bereikte de VA-klasse niet, maar zijn zuster Hella deed dat in 1951 wel. Hein werd in Duitsland overigens erg veel als dekreu gebruikt en hij was zeker een van de betere vaderhonden.
Uit de keurverslagen van vele honden uit de na-oorlogse periode viel op te maken dat er veelal gefokt werd met te zware, massale en te diep gestelde honden. Deze honden kwamen op de tentoonstellingen voor de hoogste kwalificaties in aanmerking en zo ontstond er langzamerhand een groot probleem in de fokkerij. Er werden door fokkers en deskundigen de nodige aanmerkingen op gemaakt en daarop werd besloten in 1952 een ander type reu als VA-1 te plaatsen. Gekozen werd voor de nog geen 62 cm hoge en behoorlijke gestrekte Lido vom Friedlichenheim, een reu die ook in 1954 op dezelfde plaats kwam. Maar deze keuze werd door weinig fokkers in dank afgenomen. Lido verdween dan ook spoedig naar Amerika en hij heeft in Europa geen nakomelingen van betekenis achtergelaten.
Met ingang van 1955 werden de titels Sieger en Siegerin weer ingevoerd, terwijl daarnaast ook het VA-systeem bleef bestaan. De VA-1 reu mocht dus weer de titel Sieger dragen en de VA-teef kreeg de titel Siegerin. De eerste reu die in dat jaar weer aanspraak kon maken op die titel was de toen zes jaar oude Alf vom Nordfelsen. Pas op latere leeftijd ontwikkelde Alf zich tot een belangrijke vaderhond, vooral in combinatie met de nakomelingen van het 'R'-nest vom Osnabrücker Land. Zijn nakomelingen hadden voor het merendeel een zeer gelijkvormig uiterlijk, dat niet overdreven diep was en zeer harmonisch. De combinatie van het Alf vom Nordfelsen en 'R'-nest 'bloed' werd zeer aanbevolen en het gevolg daarvan was dat er een sterke opeenhoping van dit 'bloed' ontstond. Dit gaf in het begin uitstekende resultaten, maar bracht later problemen die zich vooral uitten in tekortkomingen van de voorhand. Desondanks wordt Alf toch tot een van de betere Duitse vaderhonden gerekend, die een zeer belangrijke invloed op het ras heeft gehad. Tot ver over de Duitse grenzen heen, want ook in Nederland en België was Alf's invloed groot.
De Hein vom Richterbach-zoon Cäsar von der Malmannsheide was een andere hond van betekenis. Hij zou in totaal vijfmaal in de VA-klasse terechtkomen, zonder het ooit tot Sieger te brengen. In 1959 was hij zes jaar oud en het was het voorlaatste jaar van zijn carrière als VA-hond. Over hem werd toen geschreven:'Deze oude vechter toont zich van zijn beste zijde. Zijn leeftijd is hem niet aan te zien, hoewel hij voor de fokkerij beslist niet weinig gebruikt is. Ondanks zijn leeftijd heeft hij de vreugde en de kracht om te lopen te behouden en hij is nog steeds vast en goed van bouw. Hij zou wat meer gesloten voeten dienen te hebben, maar dat is slechts een kleine aanmerking die geen afbreuk doet aan zijn hoge waarde.' Cäsar behoorde tot de grote verervers in de Duitse Herdershondenfokkerij, wat bewezen werd door onder meer zijn zoon Bär von der Weissen Pforte die in 1959 in de VA-groep kwam, en door zijn dochter Assja zur Geigerklause die in 1959 Siegerin werd.
De periode na 1950 heeft een groot aantal uitmuntende honden opgeleverd, waarvan er een aantal waren die al spoedig hun grote verervingskracht bewezen. Een aantal werden er in dit boek al genoemd, maar ook honden als Hardt vom Stüveschacht, Arno vom Haus Gersie en Condor Hohenstamm leverden een uitstekende bijdrage en zijn tot op de dag van vandaag bekend als steunpilaren voor het ras. Teven als Werra zu den Sieben Faulen, Bora Preussenblut, Frigga vom Bombergschen Park en Wilma vom Richterbach zijn mogelijk al in de vergetelheid geraakt, maar ook hun bijdrage, evenals die van andere, was daarom niet minder belangrijk.